Phú Thọ là xã thuần nông thuộc huyện Phú Tân, cách trung tâm của huyện hơn 06 km. Vị trí địa giới hành chính: Phía Bắc giáp xã Phú An, phía Nam giáp thị trấn Phú Mỹ, phía Tây giáp xã Phú Xuân, phía Đông giáp xã Tân Hòa, huyện Thanh Bình, tỉnh Đồng Tháp (ngăn cách bởi sông Tiền).